Na fenilcetonúria materna, a fenilalanina em excesso causa danos ao embrião e ao feto, tais como atraso de crescimento intra-uterino, microcefalia, retardo mental, cardiopatias congênitas, fácies dismórficas, entre outras dismorfias e até mesmo aborto espontâneo.
As concentrações fetais de fenilalanina são cerca de duas vezes superiores às verificadas na mãe devido ao transporte ativo da fenilalanina no sentido do feto através da barreira placentária. Assim, para que as concentrações fetais sejam mantidas abaixo de 8,3mg/dL parece ser necessário manter as concentrações plasmáticas de fenilalanina maternas entre 1mg/dL e 4,2mg/dL.
O acompanhamento nutricional na fenilcetonúria materna é de extrema importancia, no entanto, mesmo assim não há uma certeza absoluta de que o bebê nascerá normal. A dosagem da fenilalanina deve ser realizada 2 vezes por semana antes de suspender a concepção até atingir um mínimo de 12 dosagens seguidas com níveis entre 1mg/dL e 4,2mg/dL e durante a gestação. Estas dosagens são de grande importância para evitar também a carência nutricional devido às restrições alimentares inerentes ao tratamento dietoterápico.
Sugere-se que as dosagens devam ser realizadas sempre em um mesmo laboratório, para que se possa fazer um estudo comparativo das análises, com os mesmos valores de referência.
Em virtude do diagnóstico precoce e da dietoterapia, muitas mulheres portadoras de fenilcetonúria são socialmente ativas e quando atingem a idade fértil desejam ter filhos, sendo assim, recomenda-se a adesão rigorosa da paciente ao tratamento, 3 a 6 meses antes da suspensão das medidas de contracepção, a fim de evitar danos ao bebê.