Análise Cromossômica por Microarray

 

O que é Análise Cromossômica por Microarray (CMA) ?


A análise cromossômica por microarray é uma técnica que permite a detecção de alterações no número de cópias em diversas regiões cromossômicas simultaneamente.

 

Como funciona o CMA ?


Nas últimas décadas a metodologia de CMA tem sido amplamente utilizada na detecção de deleções e duplicações (Variações no Número de Cópias - CNVs) no genoma humano, que podem levar a distúrbios genéticos, além da detecção de grandes regiões de perda de heterozigose (LOH) e dissomia uniparental (UPD).
Esta poderosa ferramenta de diagnóstico baseia-se na comparação entre o material genético do indivíduo em teste com controles, através de fragmentos de DNA em microarray.

 

Metodologias utilizadas


O DLE conta com duas metodologias distintas para o CMA, sendo que a escolha da mesma pode ser feita pelo médico ou direcionada pela equipe técnica especializada de acordo com o material recebido ou pesquisa a ser realizada. A resolução do teste depende diretamente da distância entre as sondas e da quantidade de sondas necessárias para se obter uma região mínima de confiança, o que pode variar dependendo da metodologia aplicada. Dessa forma, o número de marcadores descrito para cada metodologia não tem correlação direta, em caso de dúvidas a equipe de assessoria médica e técnica podem auxiliar na escolha da melhor metodologia.

1 - SNP-array

A metodologia se baseia em hibridação comparativa em microarranjos sobre um chip, utilizando marcadores não polimórficos e SNPs distribuídos ao longo do genoma. O DLE apresenta duas resoluções distintas para esta plataforma:
Resolução 750K: O array apresenta 750.000 marcadores distribuídos por todo o genoma, possibilita a detecção de CNVs maiores que 75Kb.
Resolução HD: O array apresenta 2,67 milhões de marcadores distribuídos por todo o genoma, possibilita a detecção de CNVs maiores que 50Kb


2 - Array-CGH

A metodologia se baseia em hibridação comparativa do DNA do paciente versus o DNA controle sobre lâmina de microarray com sondas representativas de regiões clinicamente significativas ao longo de todo o genoma e detecção de SNPs. Esta plataforma possui maior concentração de sondas em regiões exônicas dos genes, aumentando a capacidade de detecção de CNVs em éxons únicos.
Resolução 400K: O array apresenta 400.000 oligos, possibilita a detecção de CNVs maiores que 50Kb.

 

Quais as principais indicações do exame ?


Entre as principais indicações para o CMA, destacamos:

  • Diante de uma clínica que não se enquadre em síndromes descritas ou não estejam associadas a regiões específicas do genoma, o CMA é o método de escolha inicial para direcionar o diagnóstico.
  • Suspeita de síndromes genéticas e/ou de microdeleção cromossômica;
  • Sinais clínicos possivelmente associados a condições genéticas, tais como:
  • Anomalias congênitas;
  • Autismo;
  • Atraso de desenvolvimento psicomotor;
  • Atraso de crescimento;
  • Déficit intelectual e atraso de desenvolvimento;
  • Genitália ambígua;
  • Convulsões.
  • Indivíduos com possíveis transtornos genéticos e com resultado de cariótipo normal. A alta resolução dessa metodologia permite a análise de todo genoma quanto à presença de microalterações.
  • Na ocorrência de cariótipo inconclusivo, como presença de material adicional ou de um cromossomo marcador, o CMA é indicado para elucidar a origem da alteração, permitindo a conclusão do diagnóstico.
  • Em relação ao diagnóstico pré-natal, o CMA do feto pode ser solicitado em casos de malformação fetal detectada ao ultrassom, rearranjo cromossômico nos pais, cariótipo fetal normal ou conforme orientação do médico assistente.
  • Em casos de perdas gestacionais, cuja provável causa genética não foi possível determinar no cariótipo do produto de concepção (material de abortamento).

 

Como solicitar o exame ?


A requisição médica deverá conter o motivo da investigação, dados clínicos e fenotípicos do paciente. Essas informações colaboram com a análise e permitem um diagnóstico mais eficaz.

O exame será realizado a partir dos seguintes materiais biológicos:

  • Sangue total em EDTA: 5mL (para menores de 2 anos: 2mL)
  • Sangue fetal em EDTA (cordocentese): 2mL
  • Sangue em DBS (papel filtro)
  • Líquido amniótico: 15 a 20 mL
  • Produto de concepção/Vilo Corial
  • Swab oral seco (preferencialmente DLE Collect)

 

Por que fazer este exame no DLE ?


A tecnologia do DLE permite que o exame seja realizado em uma ampla variedade de amostras, permitindo o diagnóstico em diferentes indicações clínica, além de facilitar a coleta e o envio dos materiais.
O DLE oferece o array-CGH 400K exônico como default, um novo design de lâmina com maior distribuição de oligos ao longo do genoma e concentrados em regiões exônicas, o que aumenta a sensibilidade na detecção de CNVs (copy number variation) em éxons únicos.
Contamos ainda com a metodologia de SNP-array nas resoluções 750K e HD, a metodologia que utiliza marcadores polimórficos e não polimórficos distribuídos por todo o genoma, possibilitando uma vasta cobertura.
Cada plataforma tem suas peculiaridades que facilitam o diagnóstico em casos específicos tais como capacidade de detecção de mosaicismo, confirmação de dados de exoma, cobertura para genes específicos, melhor resultado para o tipo de material enviado, entre outros. Com as duas alternativas podemos oferecer a metodologia mais indicada pelo médico assistente ou avaliar a melhor estratégia para o diagnóstico eficaz.
Todos os resultados se baseiam na classificação e interpretação das CNVs detectadas através de pesquisa de regiões individuais e alterações descritas em bancos de dados especializados, além de base de dados interna.

 

Como interpretar o exame ?


Serão relatadas CNVs e LOH com relevância clínica conforme as diretrizes do ACMG (American College of of Medical Genetics). Os laudos são personalizados para cada paciente e embasados no relatório clínico do médico assistente, fornecendo embasamento ao médico prescritor para ampliar e/ou concluir sua pesquisa sobre a patologia do paciente assistido.
O DLE dispõe de médicos geneticistas e de assessoria científica com especialistas para esclarecimento de dúvidas técnicas.

 

Qual a diferença entre o CMA e a análise cromossômica por citogenética ?


O CMA possui maior resolução que o cariótipo na detecção de perdas e ganhos de materiais genéticos (Variações no Número de Cópias, CNVs), ou seja, este exame permite a detecção de microdeleções e microduplicações que não são visíveis no cariótipo, embora não seja capaz de detectar rearranjos cromossômicos balanceados (em que não há perda ou ganho de material genético).

 

Quais as limitações do exame ?


O exame apresenta as seguintes limitações, inerentes à técnica:

  • Microalterações menores que a resolução da plataforma utilizada.
  • Mosaicismo de baixa frequência (inferior a ~20 a 30%).
  • A técnica de CMA não detecta mutações de ponto, rearranjos cromossômicos equilibrados e eventos epigenéticos, e não permite esclarecer a origem de rearranjos cromossômicos.
  • A classificação e interpretação das variantes genéticas identificadas neste exame refletem o conhecimento científico disponível na literatura no momento em que o laudo foi emitido. Assim, o resultado obtido pode conter alterações genéticas sobre as quais ainda não se tem dados suficientes na literatura médica mundial para interpretação detalhada. O laudo interpretativo, fornecido pelo DLE, irá indicar estes casos esclarecendo os limites da tecnologia e fazendo as recomendações necessárias.

 

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